Oxford Nanopore论文发表引发舌战

4月，论文MinION启动试用计划。发表到了9月，舌战我们终于听到了一些真实的论文声音。有人认为，发表利用MinION开展大的舌战测序项目是不可行的，MinION的论文实际应用很有限。也有人认为，发表MinION是舌战一个突破性的技术，仍处于非常早期的论文阶段，就像第一部电话一样，发表有着高度可变的舌战性能。

与前两年新一代测序仪的论文疯狂升级相比，这个夏天显得格外平静，发表唯一的舌战大事件就是Oxford Nanopore的MinION试用计划。4月份，MinION陆续到达申请者的手中。之后，整个夏天便弥漫着测序结果的传闻，到了9月，我们终于听到了一些真实的声音。

一开始是伯明翰大学的Nick Loman在英国基因组科学大会（UKGS2014）上介绍了使用MinION的体会。近日，日本冲绳县工业技术中心（Okinawa Industrial Technology Center）的研究人员又在《Molecular Ecology Resources》上发表文章，介绍了对MinION测序仪的第一印象。

不过，他们的第一印象似乎不太好。研究人员利用MinION对λ噬菌体的基因组以及蛇毒腺转录组的扩增子进行了重测序。他们在摘要中提到：尽管MinION测序仪能够在一次运行中产生超过150 MB的原始数据，但最多四分之一的reads能定位到参考序列。大部分序列都包含插入/缺失的错误，或完全没有相似性。

他们认为，利用MinION来开展大的测序项目是不可行的。如果不增加准确性，MinION的实际应用似乎很有限。文库制备需要分子实验室，其复杂度和成本与其他的新一代测序平台相似。“MinION是迈向单分子测序的激动人心的一步，但它需要大幅度降低错误率，才能实现它的承诺。”

这似乎像一桶冷水，浇到了你的头上（当然，这可不是冰桶挑战），熄灭了我们对MinION的热情。然而，网络上迅速出现了不同的声音。Warp Drive Bio生物技术公司的首席科学家Keith Robison在他的博客中写道，评测是好事，但这个显然是很匆忙，且不成熟的。

首先，这篇文章并没有说明它所使用的化学试剂（chemistry）。据推测，它使用的是第一个版本的是试剂，但Oxford正在迅速更替平台的每一方面：文库制备、操作、流动槽和碱基检出。其次，对于结论部分提到的“准确性并没有随时间而改变”， Robison博士认为这被严重夸大。事实上，第二批流动槽的性能相对于第一批有明显改善。此外，日本的研究人员忽略了一点，文库制备对MinION平台上的序列质量有着更大的影响。

Robison博士认为，MinION无疑是一个突破性的技术，仍处于非常早期的阶段，就像第一部电话一样，有着高度可变的性能。因此看到一篇论文通篇都在说“不要买它”的时候，真是有点奇怪。

无论如何，纳米孔测序都是一种全新的技术，带给我们一个完全不同的测序平台。MinION的试用也不像之前的产品那样，仅针对Broad、Sanger、BGI等大型实验室，而是让每个感兴趣的人都有机会去使用。它大大降低了测序的门槛，至于性能如何，还需要更多数据来证明。

最新评论